Departamenty i powiaty
W zakresie administracji lokalnej przyjęto, na wzór francuski, podział terytorialny Księstwa na departamenty, których było sześć (warszawski, kaliski, poznański, bydgoski, płocki i łomżyński), zaś po 1809 roku - dziesięć (doszły departamenty: krakowski, radomski, lubelski i siedlecki). Dekretem z 19 grudnia 1807 roku utrzymano tymczasowo, wywodzący się z zaboru pruskiego, podział na powiaty w liczbie sześćdziesięciu (po 1809 roku - stu). Od końca 1807 roku zaczęto wprowadzać nową organizację władz terenowych, opartą na wzorcu francuskim, z zachowaniem nawet obcych nazw.

Na czele departamentu postawiono prefekta, podlegającego służbowo ministrowi spraw wewnętrznych, ale zobowiązanego również do wykonywania poleceń każdego z ministrów. Należały do jego kompetencji wszelkie sprawy z zakresu szeroko pojętej administracji, bezpośrednio sprawy resortu spraw wewnętrznych oraz współudział we wszystkich działach administracji. Jemu też podlegały wszelkie organy administracji w departamencie bezpośrednio lub w formie nadzoru. Prefekt realizował w sposób bezpośredni zastosowaną wówczas, na wzór francuski, zasadę jedno osobowości. Wyjątek stanowiły tu tylko spory administracyjne poddane kompetencji 3-osobowych rad prefekturalnych. Przy prefekcie funkcjonował komisarz policji z intendentem i adiunktem, odbierający polecenia od ministra policji, częściowo za pośrednictwem prefekta.
Na czele administracji powiatowej stał podprefekt, spełniający te same funkcje, co w departamencie prefekt, któremu sam podlegał. Miał on do pomocy kilkuosobowy personel kancelaryjny. Nowy system administracyjny Księstwa Warszawskiego miał daleko posunięty centralizm – prefekci i podprefekci wykonywali rozkazy rządowe, choć prefekci mogli  samodzielnie normować stosunki lokalne. Na szczeblu departamentu i powiatu, obok organów administracji rządowej, istniały rady departamentowe (od 16 do 24 członków) i powiatowe (od 9 do 12 członków).

Zbierały się raz do roku na sesje: departamentowe 15-dniowe, a powiatowe 10 – dniowe. Do kompetencji rad departamentowych należało kolegialne dokonywanie rozkładu podatków i innych ciężarów publicznych, a także szacowanie szkód wojennych. Rady określały potrzeby departamentów, rozpatrywały zażalenia na prefekta, postulowały ulepszenia w działalności administracji. Rady powiatowe zajmowały się szczegółowym rozkładaniem ciężarów publicznych na poszczególne wsie, dwory i miasta. Uprawnienia te  były jednak bardzo wąskie i nie miały istotniejszego znaczenia.

Podział administracyjny w latach 1807-1809
W 1807 kraj został podzielony na sześć departamentów  . Dekretem królewskim z 19 grudnia 1807 roku departamenty podzielono na 60 powiatów. Ponieważ liczba powiatów wynikała z konstytucji, a faktycznie funkcjonowało jedynie 58 powiatów, przywrócono powiat zgierski w departamencie warszawskim i utworzono powiat dąbrowski w departamencie łomżyńskim.
- departament bydgoski - 10 powiatów
- powiat brzeski
- powiat bydgoski
- powiat chełmiński
- powiat inowrocławski z siedzibą w Gnojnie, później w Inowrocławiu
- powiat kamiński z siedzibą w Łobżenicy, później w Wyrzysku
- powiat kowalski
- powiat michałowski z siedzibą w Michałowie, później w Brodnicy
- powiat radziejowski
- powiat toruński
- powiat wałecki z siedzibą w Strzelcach, później w Pile

Departament kaliski - 13 powiatów, od 1810 roku 11 powiatów
- powiat częstochowski
- powiat kaliski
- powiat koniński
- powiat odolanowski
- powiat ostrzeszowski
- powiat piotrkowski
- powiat radomski
- powiat sieradzki
- powiat szadkowski
- powiat warciański
- powiat wieluński
- powiat lelowski z siedzibą w Żarkach (od 1810 roku w departamencie krakowskim)
- powiat pilicki (od 1810 roku w departamencie krakowskim)

Departament łomżyński - 7 powiatów
- powiat biebrzański z siedzibą w Szczuczynie
- powiat dąbrowski z siedzibą w Lipsku, później w Augustowie
- powiat kalwaryjski
- powiat łomżyński
- powiat mariampolski
- powiat tykociński
- powiat wigierski-sejneński z siedzibą w Sejnach

Departament płocki - 6 powiatów
- powiat lipiński
- powiat mławski
- powiat ostrołęcki
- powiat pułtuski
- powiat przasnyski
- powiat wyszogrodzki

Departament poznański - 14 powiatów
- powiat babimostski
- powiat gnieźnieński
- powiat kościański
- powiat krobski
- powiat krotoszyński
- powiat międzyrzecki
- powiat obornicki
- powiat powidzki
- powiat poznański
- powiat pyzdrski
- powiat śremski
- powiat śródski
- powiat węgrowiecki
- powiat wschowski

Departament warszawski - 10 powiatów, od 1810 roku 12 powiatów
- powiat błoński
- powiat brzeziński z siedzibą w Strykowie
- powiat czerski z siedzibą w Grójcu
- powiat gostyniński
- powiat łęczycki
- powiat orłowski z siedzibą w Kutnie
- powiat rawski
- powiat sochaczewski
- powiat warszawski
- powiat zgierski z siedzibą w Piątku
- powiat siennicki (od 1810 roku)
- powiat stanisławowski z siedzibą w Stanisławowie, później w Okuniewie (od 1810 roku)

Podział administracyjny w latach 1810-1815
Po wojnie polsko-austriackiej i pokoju w Schönbrunn zawartym 14 października 1809 obszar Księstwa Warszawskiego zwiększył się o terytorium Nowej Galicji oraz cyrkułu zamojskiego z Galicji Wschodniej. Stosunek powierzchni części popruskiej i części pogalicyjskiej wynosił 3:2. W 1810 Nową Galicję podzielono na cztery departamenty. Dekretem królewskim z 17 kwietnia 1810 roku obszar ten podzielono na 40 powiatów. Powiaty stanisławowski i siennicki włączono do departamentu warszawskiego. Z departamentu kaliskiego przeniesiono do departamentu krakowskiego powiaty pilicki i lelowski.

Departament krakowski - 11 powiatów
- powiat hebdowski
- powiat jędrzejowski
- powiat krakowski
- powiat krzeszowicki
- powiat miechowski
- powiat olkuski
- powiat skalmierski
- powiat stopnicki
- powiat szydłowski
- powiat pilicki (przyłączony z departamentu kaliskiego)
- powiat lelowski z siedzibą w Żarkach (przyłączony z departamentu kaliskiego)

Departament lubelski - 10 powiatów
- powiat chełmski
- powiat hrubieszowski
- powiat kaźmierski
- powiat krasnostawski
- powiat kraśnicki
- powiat lubartowski
- powiat lubelski
- powiat tarnogrodzki
- powiat tomaszowski
- powiat zamojski

Departament radomski - 10 powiatów
- powiat kielecki
- powiat konecki
- powiat kozienicki
- powiat opatowski
- powiat opoczyński
- powiat radomski
- powiat sandomierski
- powiat solecki
- powiat staszowski
- powiat szydłowiecki

Departament siedlecki - 9 powiatów
- powiat bialski
- powiat garwoliński
- powiat łosicki
- powiat łukowski
- powiat radzyński
- powiat siedlecki
- powiat węgrowski
- powiat włodawski
- powiat żelechowski