„Municypalność”
Najniższą jednostką w administracji Księstwa była „municypalnosć” zarządzana przez burmistrza lub prezydenta. Dekretem z dnia 10 lutego 1809 r. utworzono municypalność z czterech miast głównych : Warszawy, Poznania, Torunia, Kalisza. W 1812 uznano także za takie Kraków , Lublin i Sandomierz. Na ich czele postawiono prezydentów municypalnych, nominowanych przez króla i podległych prefektom. W każdej municypalności miała powstać rada municypalna składająca się z 10-ciu członków, gdzie jest 2500 mieszkańców lub mniej; z 20-stu, gdzie jest 5000 mieszkańców lub mniej; z 30-stu w miastach, gdzie ludność przechodzi 5000 mieszkańców. W utworzonych miastach municypalnych powołano takie rady składające się z 30 członków. Do zadań rad należało rozkładanie ciężarów publicznych, nałożonych na miasto, podejmowanie uchwał w sprawie majątku i urządzeń miejskich, wyrażanie opinii o miejscowej administracji i składanie prefektowi zażaleń na prezydenta. Uchwały rad w sprawie budżetu podlegały zatwierdzeniu ministra spraw wewnętrznych.

Gminy miejskie
Dla wszystkich pozostałych miast i wsi Księstwa dekret z 23 lutego 1809 r. wprowadził nie przewidzianą w konstytucji, organizację gmin miejskich i wiejskich. Każde miasto i wieś stanowiły osobną gminę. Administracja w mieście należała do burmistrza, który był urzędnikiem mianowanym przez króla, mającym do pomocy honorowych ławników, mianowanych przez podprefekta spośród obywateli umiejących czytać i pisać, a zatwierdzanych przez ministra spraw wewnętrznych. Organem samorządowym była rada miejska, złożona z 3 do 10 radców, zależnie od liczby mieszkańców.

Funkcje rad miejskich były takie same jak rad municypalnych. Odpowiedni ustrój władz miejskich wprowadzono także w miastach prywatnych, pozbawiając w ten sposób właścicieli miast wpływu na obsadę i funkcjonowanie tych władz. Zdarzało się jednak często, że nie rezygnowali oni ze swych uprawnień feudalnych. W szczególności miało to zastosowanie w przypadku małych miasteczek, w odniesieniu do których dekret z 19 października 1811 roku zezwalał, aby były traktowane tak samo jak gminy wiejskie.

Gminy wiejskie
We wspomnianym akcie z 23 lutego 1809 roku wszystkie wsie uznano za gminy wiejskie. Przepisy dotyczące ustroju gmin wiejskich były w zasadzie analogiczne, jak w przypadku gmin miejskich. Wprowadzona wówczas tymczasowa organizacja gmin stanowiła próbę odejścia od obcej w warunkach polskich konstrukcji municypalności zawartej wart. 67 konstytucji. Ostatecznie rozwiązanie takie przetrwało przez cały okres Księstwa Warszawskiego.

Władzą administracyjną w gminie wiejskiej był wójt, którego wyznaczał prefekt "spomiędzy obywateli gminy czytać i pisać umiejących", zatwierdzał zaś minister spraw wewnętrznych. Mógł on sprawować swój urząd w odniesieniu do jednej lub kilku wsi (gmin), w tym ostatnim przypadku ustanawiając dla każdej wsi swego zastępcę - sołtysa, zatwierdzanego przez podprefekta. Rozwiązanie takie umożliwiało objęcie władzą administracyjną wójta całości dominium, czyli dóbr stanowiących własność jednego właściciela. Jednocześnie odpowiednie przepisy zalecały powierzanie stanowisk wójtowskich panom wsi. Chodziło w tym przypadku o zabezpieczenie interesów właścicieli ziemi w nowej sytuacji prawnej, przyznającej chłopom wolność osobistą. Zastosowano zatem rozwiązania oparte na dawnych wzorach polskich, w części tylko zmodyfikowane urządzeniami francuskimi i pruskimi.

Formalnie wójt był urzędnikiem podległym prefektowi i zobowiązanym do licznych funkcji administracyjnych, niepobierającym jednak żadnego wynagrodzenia, co prowadziło w praktyce do wykonywania władzy wyłącznie we własnym interesie. Ograniczało to jednocześnie krąg osób mogących sprawować ten urząd do grupy właścicieli ziemskich. W rezultacie utrzymana została na wsi znaczna władza szlachty nad chłopami. Przejawiała się ona m.in. w zależności ludności wiejskiej od policyjnej władzy wójta, przy znacznym ograniczeniu kompetencji rad wiejskich. Tym sposobem w Księstwie Warszawskim na szczeblu gmin wiejskich zachowano stosunki feudalne.