Król
Najwyższa władza wykonawcza w państwie powierzona została królowi, który sprawować miał rządy konstytucyjne. Była to monarchia ograniczona, bowiem konstytucja formułowała zasadę suwerenności monarchy. Według konstytucji, korona książęca warszawska należała dziedzicznie do króla saskiego Fryderyka Augusta I .  Władzę króla określano jako "rząd", w znaczeniu obejmującym wszystkie funkcje państwowe z wyjątkiem ustawodawstwa zastrzeżonego dla sejmu oraz wymiaru sprawiedliwości, choć i w tym zakresie konstytucja przyznawała królowi pewien - niekiedy spory - zakres uprawnień (m.in. do króla należało ustawowe regulowanie wszystkich spraw nieprzekazanych do kompetencji sejmu za pomocą dekretów. Przy stosunkowo ograniczonych kompetencjach parlamentu, rola króla w procesie ustawodawczym była niebagatelna). W praktyce oznaczało to (odmiennie niż w Konstytucji 3 maja) przewagę egzekutywy nad legislatywą.

Król obsadzał wszystkie stanowiska w aparacie państwowym, miał też prawo zwalniania wszystkich urzędników z wyjątkiem mianowanych dożywotnio członków senatu i sędziów. Urzędnicy ci odpowiadali przed królem za kierunek swej polityki. Do króla należało również prowadzenie polityki zagranicznej, jednak powołanie na mocy traktatu francusko-saskiego z 22 lipca 1807 roku instytucji rezydenta Francji w Warszawie, wyposażonego w szerokie kompetencje, świadczyło w rezultacie o faktycznej zależności Księstwa od cesarstwa na zasadzie zbliżonej do protektoratu.


Ministrowie
Na czele głównych działów administracji krajowej stali ministrowie: sprawiedliwości, spraw wewnętrznych i religijnych, wojny, przychodów i skarbu, oraz policji, a także minister sekretarz stanu będący szefem kancelarii królewskiej dla spraw Księstwa, stale przebywający u boku króla. Na podstawie dekretu z 20 kwietnia 1808 roku król powierzał ministrom, jako swoim organom, wykonywanie zarówno ustaw sejmowych, jak i własnych dekretów. Każdy akt królewski wymagał kontrasygnaty (podpisu) właściwego ministra, który podnosił zań odpowiedzialność.

Władza ministrów w Księstwie Warszawskim była jednoosobowa. Przysługiwało im prawo decyzji, których nie można było zaskarżyć do Rady Stanu; każdy z nich był odpowiedzialny za całą działalność swego resortu. W praktyce, wobec nieobecności króla w Księstwie, władza ich była większa niż ministrów napoleońskich we Francji. Funkcje swe sprawowali przy udziale aparatu pomocniczego i władz niższych. Najbardziej rozbudowane było ministerstwo spraw wewnętrznych, dzieliło się ono na 6 wydziałów ,a liczba osób zatrudniona tam na etatach wynosiła 1201.

Rada Ministrów
Powołano też do życia Radę Ministrów nieprzewidzianą w innych konstytucjach napoleońskich poza Francją. W skład jej wchodzili wszyscy ministrowie z osobnym prezesem na czele .Zgodnie z konstytucją miała ona przedstawiać królowi sprawy, które należały do kompetencji więcej niż jednego resortu. Początkowo Rada Ministrów pojmowała swą rolę jako zastępcy króla (w związku z niepowołaniem instytucji wicekróla), funkcjonując w charakterze rządu krajowego na podstawie tymczasowej "organizacji wewnętrznej", wydanej przez siebie samą w październiku 1807 roku. Dopiero dekret z 24 grudnia 1807 roku uregulował jej stanowisko zgodnie z konstytucją. Pozbawiona funkcji kierowniczych, miała odtąd służyć tylko porozumiewaniu się ministrów w sprawach przedstawionych do decyzji królowi.

W 1810 roku, na mocy dekretów z czerwca i września, uprawnienia Rady Ministrów zostały rozszerzone, umożliwiając jej kontrolę poszczególnych ministrów i całej administracji. Stwarzało to już formy do centralnego kierowania  administracja kraju. Dopiero obliczu wojny 1812 r. Rada Ministrów otrzymała upoważnienia do sprawowani a całej władzy w kraju.

Rada Stanu  
Istotną nowością w ustroju Księstwa było powołanie, obok Rady Ministrów, Rady Stanu, jako stałego pomocniczego organu władzy królewskiej. Organ ten występował we wszystkich konstytucjach napoleońskich, kształtując się jednak różnie w poszczególnych państwach. Rada Stanu Księstwa Warszawskiego należała do tych, którym powierzono zadania najobszerniejsze.

Według konstytucji, Rada Stanu składała się z ministrów, miała więc skład identyczny z Radą Ministrów. Dekretem z 12 sierpnia 1808 roku król powiększył liczbę jej członków, mianując 6 radców stanu, nieprzewidzianych w konstytucji. W związku z przyłączeniem do Księstwa w 1809 roku Galicji liczbę radców stanu zwiększono do 12, później pojawiła się też kategoria ministra stanu - członka Rady. Istniała ponadto instytucja referendarzy (początkowo 4, później 6) niebędących członkami, lecz tylko funkcjonariuszami Rady.

Zadania Rady Stanu
Zadania Rady Stanu były różnorodne i odpowiadały odmiennym kierunkom kompetencji monarszej. Na plan pierwszy wysuwał się jej współudział  , w ustawodawstwie. Dekret z 24 grudnia 1807 r.  przewidywał, iż Rada będzie przygotowywać projekty ustaw sejmowych i dekretów królewskich łącznie z "urządzeniami dopełniającymi" konstytucję. W ten sposób realizować też miała królewskie prawo inicjatywy ustawodawczej w sejmie. W związku z tą funkcją, rozbudowano Radę organizacyjnie, dzieląc ją na 4 sekcje odpowiadające resortom ministerialnym (poza sprawami policji" przydzielanymi do sekcji, z którą pozostawały w najbliższym związku).

Od dekretu z 20 kwietnia 1808 r. zaczęły się też kształtować kontrolne funkcje Rady Stanu wobec administracji, co miało prekursorskie znaczenie. Nastąpiło to przez podporządkowanie ministrów, polegające na obowiązkach składania Radzie raportów i rachunków kwartalnych z działań prowadzonych przez nich resortów, corocznych sprawozdań o "fizycznym i moralnym" stanie kraju łącznie z zamknięciem rachunków państwowych obowiązku przedstawiania uwag o nieprawidłowościach funkcjonowanie. administracji. Nadto, przez Radę Stanu miały przechodzić zgłaszane prze ministra sprawiedliwości do króla wątpliwości interpretacyjne co do stosowania prawa. Rada decydowała też o oddaniu pod sąd urzędników za  przestępstwa w związku z urzędowaniem. Wnioski w tych sprawach mogły być wnoszone przez ministrów bądź osoby prywatne.

Ważnym obszarem działań Rady Stanu miało pozostawać sądownictwo. Powierzono jej, według konstytucji, sprawowanie obowiązków sądu kasacyjnego w sądownictwie powszechnym - odwrotnie niż we Francji, gdzie należało do odrębnego sądu. Oprócz tego, należało do niej sądownictwo administracyjne i rozpatrywanie sporów o kompetencje między władzami  administracyjnymi a sądowymi.

Konstytucja Księstwa formułowała zasadę, że wszystkie decyzje Rad Stanu, w tym i wyroki wydawane jako sąd, miały podlegać zatwierdzaniu królewskiemu. Stało to w sprzeczności z konstytucyjną zasadą niezawisłości  sądów. Monarcha, dekretem z 11 lipca 1808 r., ustalił, iż tylko wówczas, gdy Rada występuje jako sąd kasacyjny, jej wyroki nie wymagają zatwierdzenia królewskiego. Nie dotyczyło to pozostałych funkcji sądowych, wychodzono bowiem z założenia, iż są one pochodną wykonawczej władzy królewskie' i mieszczą się w obrębie administracji. Rada Stanu początkowo, do 1810 r, konkurowała z Radą Ministrów o stanowisko organu zarządu ogólnego państwa. Ostatecznie w rywalizacji  zwyciężyła Rada Ministrów. Rada Stanów tracąc swoje znaczenie stała się organem sądowym.